Kisemlősökkel kapcsolatos vizsgálataink tulajdonképpen régebbre datálhatók, mint maga az egyesület. A Tölgy T.E ugyanis tulajdonképpen a Pelevízió csoportból alakult ki, melynek fő célja a hazai pelefajok vizsgálata volt, de emellett más hazai veszélyeztetett kisemlős fajok (pl. patkányfejű pocok) vizsgálatával is foglalkozott már 1995 óta. A Pelevízió csoport hagyományait folytatva a Tölgy T.E. kisemlős vizsgálatainak egyik fő célpontja a három hazai pelefaj (Muscardinus avellanarius Linné, 1766; Myoxus glis Linné, 1766; Dryomys nitedula Pallas, 1779). Ezek hazai elterjedésére és élőhely preferenciájára vonatkozó vizsgálatok már jelentős eredményeket mutattak fel, és jelenleg is folynak. Újabban a mókus (Sciurus vulgaris) elterjedésére és természetvédelmi jelentőségére kiterjedő vizsgálatok is folynak az egyesület szervezésében. (Mókusleső program)